Eine eigene Pflichtverletzung des GmbH-Geschäftsführers zu begründen ist oftmals sehr schwer. Hintergrund ist, dass dem GmbH-Geschäftsführer ein weiter Handlungsspielraum (unternehmerisches Ermessen) bei der Ausübung seiner Geschäftsführertätigkeit zusteht.
Auch riskante Geschäfte sind daher nicht immer pflichtwidrig oder haftungsbegründend, sondern erst dann, wenn eine nicht mehr akzeptable Risikoschwelle überschritten wird. Wo genau diese liegt, ist oftmals schwer feststellbar. Je höher der mögliche Schaden für die Gesellschaft ist, umso sorgfältiger muss der GmbH-Geschäftsführer jedoch seine Entscheidung abwägen. Existenzbedrohende Geschäfte sind jedoch unzulässig.
Zu beachten ist auch, dass der GmbH-Geschäftsführer die Interessen der Gesellschaft wahrzunehmen hat. Erhält er daher seitens der Gesellschafterversammlung die Anweisung, bestimmte Geschäfte durchzuführen, so begründet dies i.d.R. keine eigene Haftung des GmbH-Geschäftsführers. Daher ist die Haftung eines GmbH-Geschäftsführers, welcher Alleingesellschafter der GmbH ist, oft nur äußerst schwer zu begründen, da er regelmäßig im Rahmen seiner Geschäftsführertätigkeit nur seine eigenen Weisungen ausführt. Grundsätzlich pflichtwidrig handelt ein Geschäftsführer jedoch, wenn er rechtlich unzulässige Geschäfte ausführt.
Die Haftung aus dem Angestelltenverhältnis besteht zwar, geht jedoch nicht weiter als die Haftung nach § 43 GmbHG. Die Haftung aus dem Angestelltenverhältnis wird also von der Haftung nach § 43 GmbHG umfasst. Dies betrifft z.B. auch Verstöße gegen ein im Angestelltenverhältnis vereinbartes Wettbewerbsverbot.
Einen besonderen Haftungstatbestand bildet die Regelung des § 64 GmbHG. Dieser betrifft gerade GmbH-Geschäftsführer von Gesellschaften, die in wirtschaftliche Bedrängnis geraten sind. Die Haftung des GmbH-Geschäftsführers besteht in diesem Fall dann, wenn er trotz Eintritt der Zahlungsunfähigkeit der Gesellschaft oder nach Feststellung ihrer Überschuldung noch Zahlungen erbringt. Ausnahmsweise können Zahlungen jedoch auch gerechtfertigt sein, wenn diese mit der Sorgfalt eines ordentlichen Geschäftsmannes vereinbar sind.